اصلی ترین دلیل مخالفت با ایشان به مواضع و گفته های ایشان مربوط است. برخی از این مواضع عبارتند از:

1- نخستین بار که نام او بر سر زبانها افتاد، تیرماه سال 85 بود که در دیدار با یک خبرنگار ترک، برداشتن حجاب از سوی او را بدون اشکال دانست. به نوشته کیهان، «الیف کورپا» خبرنگار روزنامه صباح ترکیه گفت: مشایی در جواب این سؤال وی که آیا می‌توانم روسری‌ام را بردارم، گفته است: «بله اینجا ایران آزاد است.» وی اضافه کرد: «در ایران استفاده از حجاب بدون اجبار است و هیچ فشاری از طرف حکومت در استفاده از حجاب اعمال نمی‌شود. این یک انتخاب کاملاً شخصی است. اگر شما در ایران از روسری و حجاب استفاده نکنید هیچ مقام دولتی به شما تذکری نخواهد داد». مشایی حتی در پاسخ به سؤال خبرنگار ترک مبنی بر این که آیا بی‌حجابی و صرف نوشیدنی‌های الکلی توسط توریست‌های ایرانی در ترکیه شما را ناراحت نمی‌کند، گفته بود: «نه. این مسائل شخصی است و اگر دوست دارند می‌توانند هم مشروبات الکلی استفاده کنند و هم بی‌حجاب باشند و هم با مایو بگردند» اما به جای مشایی این محمدرضا مهراندیش، مدیر روابط عمومی سازمان میراث فرهنگی و گردشگری بود که اظهارات منتصب به مشایی را تکذیب کرد. (به نقل از روزنامه خبر و سایت تابناک)

2- 6 ماه بعد یعنی در دی ماه 85 نیز حضور مشایی در افتتاحیه یک نمایشگاه در ترکیه که در آن زنان بدون حجاب مشغول رقص و پایکوبی بودند؛ خبرساز شد. در فیلم یک ساعته‌ای که از رئیس سازمان میراث فرهنگی و گردشگری در برخی از سایت‌های اینترنتی منتشر شد؛ او در تمام طول مدتی که سه رقص جداگانه برگزار می‌شد (13 دقیقه و 30 ثانیه) در مراسم حضور داشت. فیلمی که ابوطالب به عنوان یک مستندساز مونتاژ بودن آن را تکذیب کرد و علیرضا سجادپور، معاون سابق مشایی در سازمان میراث فرهنگی و گردشگری نیز اجرای رقص در مراسم را تأیید نمود.

اما مشایی اصرار داشت که پس از دقایقی این مراسم را ترک کرده و واکنشها به حضورش در این مراسم را «حمله به دولت اصولگرا» توصیف کرد و حتی از دو نماینده اصولگرایی که به او انتقاد کرده بودند (ابوطالب و افروغ) شکایت نمود.

3- در آذر ماه 87 حمل قرآن همراه با دف در یک همایش سازمان میراث فرهنگی خبر ساز شد. 10 زن سیاه‌پوش كه در ردیف نخست آنها یك زن به طور انفرادی قرآنی را در یك سینی حمل می‌كرد، شروع به نواختن دف كرده و قرآن را به قاری رساندند! این اقدام از سوی علما به عنوان وهن قرآن شناخته شد. حضور یا عدم حضور مشایی در این همایش نیز در هاله ای از ابهام باقی ماند و نهایتا این ماجرا با استعفای معاون سرمایه گذاری مشایی خاتمه یافت.

4- مشهورترین موضع جنجالی آقای مشایی به موضع ایشان در قبال اسراییل  باز میگردد: " ایران امروز با مردم آمریکا و اسرائیل دوست است. " که به موجی از اعتراض تبدیل شد و تا مرز سوال نمایندگان از رییس جمهور نیز پیش رفت. نهایتا با ورود مقام معظم رهبری ماجرا پایان یافت. ایشان در خطبه های نماز جمعه شهریور ماه 1387 فرمودند: " یك نفر پیدا میشود درباره‏ى مردمى كه در اسرائیل زندگى میكنند، اظهار نظرى میكند. البته این اظهار نظر، اظهار نظر غلطى است. اینى كه گفته شود ما با مردم اسرائیل هم مثل مردم دیگر دنیا دوستیم! این حرف درستى نیست؛ حرف غیرمنطقى‏اى است." البته آقای مشایی بعد از اظهار نظر رهبر انقلاب با انتشار نامه ای اظهارات خود را تصحیح کرد و اسراییل را رژیمی اشغالگر و غاصب نامید.

5- آخرین مورد نیز که به انتزاع سازمان حج و زیارت از زیرمجموعه وزارت ارشاد و الحاق آن به زیرمجموعه سازمان میراث فرهنگی و گردشگری مربوط می شود که به استعفای اعتراض امیز حجت الاسلام ری شهری منجر شد. آیت الله مکارم شیرازی از مراجع تقلید در ابتدای درس خارج خود از این اقدام انتقاد کرده و فرمودند: " اخیراً در یک حرکت شتابزده و نسنجیده سازمان حج و زیارت را تابع سازمان میراث فرهنگی و گردشگری کردند که مایه تعجب همگان شد؛ بلکه اهانت بزرگی به این وظیفه مقدس اسلامی بود چراکه این برنامه‌ی مهم اسلامی را در ردیف گردشگری در جزیره‌ی کیش و صنایع دستی را مثال آن قرار می‌داد."  آیت الله صافی گلپایگانی از مراجع تقلید نیز به این اقدام اعتراض کردند. اما این اعتراضها به جایی نرسید تا اینکه نهایتا با انتشار نامه مخالفت مقام معظم رهبری منتفی شد. در این نامه آمده بود: "در باره جابجایی سازمان حج و زیارت به جناب آقای رییس جمهور موكد تذكر داده شد كه الحاق این سازمان به مجموعه گردشگری شایسته نیست" و از آقای ری شهری خواسته شد که به فعالیت خود ادامه دهد. هرچند آقای مشایی در دفاع از خود عنوان کرده اند که این اقدام شخص آقای احمدی نژاد بوده و نه ایشان ولی منتقدان آن را از اقدامات ایشان می دانند.